Ципрофлоксациныг түүнд мэдрэг нянгаар үүсгэгдсэн дараах халдварын эмчилгээнд хэрэглэнэ. Үүнд:
- Хүнд хэлбэрийн системийн халдварууд: септицеми, бактереми, перитонит, цусны өөрчлөлт буюу хавдар бүхий дархлал дарангуйлагдсан өвчтөний халдвар, халдварлагдсан түлэгдэлт зэрэг өвөрмөц тохиолдлын улмаас эрчимт эмчилгээний цэгт буй өвчтөний халдвар г.м.
- Амьсгалын замын халдварууд: долийн болон бронхо-пневмони, цочмог ба архаг бронхит болон эмпием
- Шээсний замын халдварууд: хүндрэлгүй болон хүндрэлтэй уретрит, цистит, пиелонефрит, простатит болон эпидидимит
- Арьс, зөөлөн эдийн халдварууд: халдварлагдсан шарх, шархны халдвар, буглаа, целлюлит, гадна чихний үрэвсэл, түүхий болон халдварлагдсан түлэгдэлт
- Ходоод гэдэсний халдварууд: гэдэсний халууралт, халдварт суулгалт
- Цөсний замын халдварууд: холангит, холецистит, цөсний хүүдийн буглаа
- Хэвлийн хөндийн халдварууд: перитонит, хэвлийн доторх буглаа
- Яс, үе мөчний халдварууд: остеомиелит, үений халдвар
- Аарцгийн халдварууд: сальфингит, эндометрит, аарцгийн үрэвсэлт өвчнүүд
- Нүд, чих, хамар, хоолойн халдварууд: дунд чихний үрэвсэл, синусит, мастоидит, тонзиллит
- Заг хүйтэн: бета-лактамаза үүсгэгч нян буюу пенициллинд харьцангуй мэдрэг нянгаар үүсгэгдсэн шээсний сүвний, шулуун гэдэсний болон залгиур хоолойн гоноррей